不管什么样的无痛人流，手术时都可能由于反复钳刮、吸子宫内膜，使子宫壁变薄，内膜越来越少，不但会引起出血、粘连、生殖道及宫腔感染、子宫穿孔、月经紊乱、闭经、腹痛等十几种并发症，还会导致盆腔炎、子宫内膜异位，甚至不孕。而且人流次数越多，危害越大。如果是未成年少女，则更容易导致后遗症。

更可怕的是，反复流产会使女性未来生育的可能性变小，难以怀孕，而且即使怀上了也容易流掉。更有些无痛人流医院往往由于设备不齐全，医护人员不到位，很难保障患者的手术安全。再者一些临床经验不足的医师容易操作不当，造成子宫穿孔等并发症，由于受术者打了麻药，感觉不到疼痛，手术医师不容易发觉，会引起大出血，甚至有生命危险。另外，也会出现漏吸、人流不全、宫腔粘连等并发症。